Замок Кумамото был построен в последние годы периода Воюющих государств японским феодалом того периода Киемаса Като, который был известен как специалист по строительству замков.
В период Мэйдзи замок стал полем битвы при восстании Сацума. Правительственные войска укрылись в замке и пережили яростную атаку войск Сайго.
Замок также известен как место цветения сакуры. Он был выбран в качестве одного из 100 лучших мест для наблюдения за цветением сакуры в Японии.
Замок Кумамото получил повреждения в результате землетрясения в Кумамото, которое произошло в апреле 2016 года. Даже сегодня еще ведутся реставрационные работы.